Sejak tanggal 20 Juli 2007, Perpustakaan Kota
Yogyakarta berada di jantung kota Yogyakarta. Tepatnya berlokasi di Jalan Suroto
No. 9 Kotabaru, Yogyakarta. Awalnya, perpustakaan umum ini berada di Alan Pekapalan,
Alun-alun Utara Yogyakarta. Karena tempat perpustakaan yang tidak terlihat,
sehingga banyak masyarakat yang tidak mengetahui keberadaan perpustaakn
tersebut. Sehingga tahun 2007 dipindah di belakang toko buku Gramedia daerah
Kotabaru.